黄檗宗は中国明代の臨済宗として日本に伝わりました。当初「臨済宗黄檗派」などと称していましたが、明治9年、一宗として独立し「黄檗宗」を公称するようになりました。儀式作法とも中国式という点では、鎌倉時代からの日本の臨済宗とは異るため、独立して一宗派を成すに至りました。根本は臨済宗の流れを汲んでいるので、現在でも臨済宗各派とは他宗に比べても特に繋がりが強く「臨黄」などと総称されることもあります。

隠元禅師の御諱誡（後世に残された訓戒）の中に「己躬下の事を究明するを務めとせよ」とあります。自己の究明に務め、昼夜たゆまぬ修行をしなさいという意味です。自己の究明、つまり人として生まれてきて自分はいったいどう生きるのかということです。人の為ではなく、まず自身の解決が肝要であるということです。